Η Ταξιαρχία έχει ως αποστολή τη σχεδίαση, διεύθυνση και διεξαγωγή αεροπορικών επιχειρήσεων, καθώς επίσης και τη συμμετοχή σε ειδικές επιχειρήσεις σε συνεργασία με τις ειδικές δυνάμεις του ΣΞ, καθώς και δυνάμεις του ΠΝ και της ΠΑ.

Καθημερινά σχεδιάζει και εκτελεί μεγάλο αριθμό επιχειρησιακών και εκπαιδευτικών δραστηριοτήτων, υλοποιώντας την Τρίτη διάσταση του ΣΞ και εκδηλώνοντας συνεχή παρουσία σε ολόκληρη την Ελληνική επικράτεια και όχι μόνο, συμβάλλοντας έτσι στην αποτροπή του αντιπάλου.