Ο Αντιστράτηγος Σπυρίδων Αλφαντάκης γεννήθηκε το 1966 στη Λάρισα. Εισήλθε το 1983 στην Στρατιωτική Σχολή Ευελπίδων, από την οποία και αποφοίτησε το 1987 με το βαθμό του Ανθυπολοχαγού Πυροβολικού.
Ως κατώτερος Αξιωματικός υπηρέτησε σε Μονάδες Εκστρατείας με τα καθήκοντα του Ουλαμαγού Μοίρας ΥΕΑ, Διοικητή Πυροβολαρχίας, Υποδιοικητή Μοίρας και ως Παρατηρητής στην Πρώην Γιουγκοσλαβία (1995-1996).
Φοίτησε σε όλα τα προβλεπόμενα σχολεία του Όπλου του.
Το 2005 φοίτησε στην Ανωτάτη Διακλαδική Σχολή Πολέμου (ΑΔΙΣΠΟ).
Κατά τη διάρκεια της σταδιοδρομίας του ως ανώτερος Αξιωματικός υπηρέτησε στο ΓΕΣ/ΔΠΒ.
Το 2006 του ανατέθηκαν τα καθήκοντα του Διοικητή της 98 ΜΕΘ.
Το 2008 του ανατέθηκαν τα καθήκοντα του Διοικητή ΠΒ/ΑΣΔΕΝ.
Ακολούθως υπηρέτησε ως Διευθυντής Σπουδών στην ΣΠΒ.
Με την προαγωγή του σε Συνταγματάρχη το 2012 φοίτησε στη Σχολή Εθνικής Άμυνας (ΣΕΘΑ) και έπειτα τοποθετείται στο ΓΕΣ, ως Επιτελής στη Διεύθυνση Οργάνωσης (ΓΕΣ/Δ1).
Το 2016 ανέλαβε καθήκοντα Διοικητή της ΔΜΕΘ/95 ΑΔΤΕ.
Το 2017 προάγεται σε Ταξίαρχο και του ανατίθενται τα καθήκοντα του Διοικητή της ΔΠΒ του Δ΄ Σώματος Στρατού «ΘΡΑΚΗ».
Το 2019 τοποθετείται στο ΓΕΣ με τα καθήκοντα του Διευθυντή Οργάνωσης (ΓΕΣ/Δ1).
Το 2020, έχοντας προαχθεί σε Υποστράτηγο τοποθετείται ως Διευθυντής της Διεύθυνσης Πυροβολικού στο ΓΕΣ.
Το 2021 τοποθετείται ως Υποδιοικητής της Ανώτατης Στρατιωτικής Διοίκησης Εσωτερικού και Νήσων (ΑΣΔΕΝ) και το 2022 ως Διευθυντής Α΄ Κλάδου στο ΓΕΣ.
Με απόφαση του ΚΥΣΕΑ την 17 Ιανουαρίου 2023 προήχθη σε Αντιστράτηγο και τοποθετήθηκε Διοικητής στη Σχολή Εθνικής Άμυνας (ΣΕΘΑ).
Την 15 Ιανουαρίου 2024, κατόπιν απόφασης του ΚΥΣΕΑ, του ανατέθηκαν τα καθήκοντα του Γενικού Επιθεωρητή Στρατού.
Στον Αντιστράτηγο Σπυρίδων Αλφαντάκη έχει απονεμηθεί το σύνολο των προβλεπόμενων Παρασήμων, Μεταλλίων και Διαμνημονεύσεων.
Είναι γνώστης της Αγγλικής Γλώσσας
Είναι παντρεμένος και έχει ένα παιδί.