Οργάνωση
 

Η Διεύθυνση είναι οργανωμένη σε διάφορα τμήματα και γραφεία και είναι στελεχωμένη τόσο από στρατιωτικό, όσο και από πολιτικό προσωπικό, κυρίως πτυχιούχους μηχανικούς ανωτάτης εκπαίδευσης και διαφόρων ειδικοτήτων, προκειμένου να ανταπεξέρχεται στα πολυσχιδή θέματα που αναφέρονται στην αποστολή.

Στο πλαίσιο εφαρμογής της περιβαλλοντικής πολιτικής του ΥΠΕΘΑ, η Διεύθυνση από το Δεκέμβριο του 2014, αναδιοργανώθηκε αποκτώντας ξεχωριστό Τμήμα Προστασίας Περιβάλλοντος και μετονομάστηκε σε Διεύθυνση Υποδομής και Προστασίας Περιβάλλοντος (ΔΥΠΠΕ), αντί Διεύθυνσης Υποδομής (ΔΥΠΟ), που ίσχυε μέχρι τότε.