Κατά το έτος 1914 για πρώτη φορά στον Ελληνικό Στρατό, συγκροτούνται και οργανώνονται νέα Σώματα και Υπηρεσίες κατά το πρότυπο του Γαλλικού Στρατού. Τότε με το Νόμο 232/1914 θεσπίστηκε, για πρώτη φορά, ο διαχωρισμός της Οικονομικής Υπηρεσίας στη Διεύθυνση, τη Διαχείριση και τον Έλεγχο. Έτσι δημιουργήθηκε το Σώμα Οικονομικού Ελέγχου.

Αφετηρία λοιπόν της ιστορίας του Σώματος, υπήρξε ο παραπάνω Νόμος (232/1914) πλην όμως οι διατάξεις του δεν εφαρμόστηκαν από την αρχή και εκδόθηκε ο Νόμος 372/1914 με τον οποίο το Σώμα Οικονομικού Ελέγχου αποτελείτο από έναν Διευθυντή του Ελέγχου και από Ελεγκτές Α', Β', και Γ' τάξεως.

Κατά το έτος 1917, η τότε Γαλλική Οργανωτική Αποστολή, εισηγήθηκε το Σώμα να λειτουργήσει με βάση το Νόμο 232/1914
                        
Η εισήγηση έγινε αποδεκτή και εκδόθηκε ο Νόμος 1010/1917 «Περί Οργανώσεως και Λειτουργίας του Σώματος Ελέγχου» και το από 21-12-1917 εκτελεστικό αυτού του Νόμου Βασιλικό Διάταγμα.
Αργότερα εξεδόθησαν οι Νόμοι 1675/1919 και 2120/1920 που καθιέρωσαν λεπτομερέστατα τις περί ελέγχου διατάξεις, καθώς και τα καθήκοντα υποχρεώσεις και διαδικασίες του Σώματος, οι δε Ελεγκτές εξομοιώθηκαν πλήρως με τους λοιπούς Αξιωματικούς του Στρατεύματος.
                        
Με το από 7-12-1922 Νομοθετικό Διάταγμα, καταργήθηκαν οι παραπάνω Νόμοι και καθορίστηκε ο σκοπός του Σώματος Ελέγχου που ήταν η ενέργεια ελέγχου επί της Οικονομικής Υπηρεσίας του Στρατού εκ των προτέρων (προληπτικός έλεγχος) και αυτή εκ των υστέρων. (Στην τελευταία συμπεριλήφθηκε και η εκκαθάριση των εξόδων του υλικού του Στρατού).
                        
Σημαντικό σταθμό στην ιστορία του Σώματος, αποτέλεσε το από 23-2-1926 Νομοθετικό Διάταγμα «Περί Αρμοδιότητας Σωμάτων Ελέγχου, Επιμελητείας, Διαχειρίσεων, Εκκαθαρίσεως Δαπανών και Υλικού Στρατού». Με τις διατάξεις αυτού του Νομοθετικού Διατάγματος καθορίσθηκε η αποστολή, οι αρμοδιότητες, η οργάνωση και η διάρθρωση του Σώματος και των Υπηρεσιών του.
                        
Υπό την εποπτεία του Σώματος, υπήχθησαν και το Σώμα Εκκαθαρίσεως, και το υφιστάμενο τότε Κεντρικό Γραφείο Εκκαθαρίσεως Υλικού.
                        
Μεταπολεμικά κατά την ανασυγκρότηση του Εθνικού Στρατού και συγκεκριμένα με το Νόμο 583/1948 «Περί Οικονομικής Μερίμνης εν τω Στρατώ Ξηράς» και τον ΑΝ 888/1949 «Περί Καθορισμού Όπλων και Σωμάτων Στρατού Ξηράς» αναδιοργανώθηκε και το Σώμα Ελέγχου, με την ονομασία Σώμα Οικονομικού Ελέγχου ως ανεξάρτητο Σώμα, που υπαγόταν αρχικά υπό τον Υπουργό των Στρατιωτικών. (Γενική Διεύθυνση Υπουργείου Στρατιωτικών). Μετά τη συγκρότηση του Υπουργείου Εθνικής Αμύνης, το Σώμα υπήχθη υπό τον Β' Υπαρχηγό του ΓΕΣ. Ήδη από το έτος 1968 με τον ΑΝ 506/1968 το Σώμα μετονομάστηκε σε Ελεγκτικό Σώμα, για να διακρίνεται από το Οικονομικό Σώμα του οποίου η νέα αποστολή ήταν η Διαχείριση του χρηματικού του Στρατού, παρέμεινε δε ανεξάρτητο και υπαγόμενο απ' ευθείας υπό τον Β' Υπαρχηγό του ΓΕΣ. Η λειτουργία του Σώματος ρυθμίζεται με το Στρατιωτικό Κανονισμό 117-1 (πρώην 364/1949), ο οποίος αναθεωρήθηκε το 2007.
                        
Η στρατολογία των Αξιωματικών του Σώματος γίνεται με μετάταξη Ταγματαρχών και Λοχαγών Όπλων και Σωμάτων μετά από διαγωνισμό. Οι επιτυχόντες κατά το διαγωνισμό μετατάσσονται με το βαθμό του Ταγματάρχη.